La Corte di Giustizia Tributaria di Milano, con la sentenza n. 4303/2025 del 29 ottobre, ha impresso una svolta decisiva nel contenzioso relativo al Credito d’Imposta per Ricerca e Sviluppo maturato tra il 2015 e il 2019, annullando in blocco quattro atti di recupero emessi dall’Agenzia delle Entrate. Questa pronuncia si allinea ad un orientamento giurisprudenziale ormai consolidato e fornisce la base per una strategia difensiva robusta per le imprese ancora coinvolte in accertamenti.

Il principio cardine affermato dalla Corte è l’illegittimità dell’applicazione retroattiva del Manuale di Frascati. L’organo giudicante ha ribadito che la valutazione della spettanza del beneficio, previsto dall’articolo 3 del D.L. 145/2013, deve avvenire esclusivamente sulla base del quadro normativo vigente al momento in cui l’agevolazione è maturata. Poiché il richiamo al Manuale dell’OCSE è stato introdotto dalla legislazione solo a partire dal 2020 con la Legge 160/2019, non è ammissibile ridefinire in senso restrittivo i requisiti di accesso per le annualità precedenti. Il criterio interpretativo da adottare è, dunque, il principio del tempus regit actum.

La sentenza milanese si è distinta per aver introdotto un criterio particolarmente favorevole alle società che operano nel settore dell’Information Technology, come quella coinvolta nella vicenda e attiva nel big data e cloud computing. L’Agenzia aveva contestato l’assenza del requisito di novità, sostenendo che il progetto fosse una mera riorganizzazione di contenuti scientifici preesistenti; la Corte ha respinto tale impostazione, stabilendo che nel comparto IT la novità può risiedere non nei contenuti trattati ma nelle modalità innovative di estrapolazione, collegamento e riorganizzazione delle conoscenze disponibili. Questa metodologia originale, finalizzata a creare valore attraverso la selezione critica e la ricombinazione di fonti, è stata esplicitamente accostata all’attività oggi svolta dai sistemi di intelligenza artificiale, integrando pienamente il requisito di innovatività previsto dalla norma dell’epoca.

Un ulteriore aspetto cruciale affrontato dalla sentenza è l’indipendenza del carattere innovativo dal risultato. L’innovatività di un progetto non può essere misurata esclusivamente sull’effettivo conseguimento dell’obiettivo prefissato. Il tentativo di superare un limite tecnologico, che per definizione implica un alto rischio di fallimento, mantiene la sua valenza innovativa anche in caso di esito negativo; inoltre, la novità deve essere parametrata allo stato generale delle conoscenze nel settore, ma ciò non esclude che la ricombinazione innovativa di conoscenze esistenti possa soddisfare il requisito, purché realizzata con una metodologia originale e finalizzata a risultati inediti.

Per le imprese interessate, la strategia difensiva nei contenziosi pendenti deve concentrarsi, oltre che sull’eccezione di irretroattività, sulla dimostrazione della metodologia innovativa adottata. La giurisprudenza riconosce che l’onere probatorio del contribuente può essere soddisfatto dimostrando l’effettività, l’inerenza e la congruità dei costi, ma anche enfatizzando la tensione verso un obiettivo innovativo attraverso la documentazione della metodologia. Infine, è possibile contestare la metodologia di accertamento stessa, qualora l’Ufficio si sia limitato a un riscontro documentale formale senza effettuare una valutazione sostanziale del progetto e della sua innovatività. Tali principi si estendono anche alle imprese che hanno visto respingere le istanze di certificazione previste dall’art. 23 del D.L. 73/2022.