La Risposta all’interpello n. 102 del 2 aprile 2026 interviene sul delicato rapporto di coesistenza tra la super-deduzione del nuovo Patent Box e il credito d’imposta per Ricerca e Sviluppo, delineando i confini dell’obbligo di ricalcolo per le imprese che intendano cumulare i due regimi agevolativi.

L’Amministrazione Finanziaria chiarisce preliminarmente che il beneficio derivante dalla maggiorazione del 110% dei costi di ricerca e sviluppo deve essere considerato, ai fini della disciplina del Credito R&S, alla stregua di una sovvenzione o di un contributo che riduce la base di calcolo del credito stesso.

Il passaggio centrale del documento specifica infatti che: “Laddove il contribuente scelga di avvalersi della disciplina prevista dall’articolo 6 del decreto-legge 21 ottobre 2021, n. 146, l’ammontare della variazione in diminuzione operata in sede di dichiarazione dei redditi, rappresentando una riduzione del costo effettivamente rimasto a carico dell’impresa, deve essere opportunamente scomputato dalla base di calcolo del credito d’imposta per attività di ricerca e sviluppo eventualmente fruito in relazione ai medesimi costi, al fine di evitare che la medesima spesa possa beneficiare di una doppia agevolazione non consentita dall’ordinamento“.

Nel caso di specie, riferito a una realtà del settore digitale, viene ribadito che il software protetto da copyright accede al regime premiale nel momento in cui acquisisce la privativa tramite registrazione presso la SIAE ed è proprio tale formalità a innescare il decorso dell’agevolazione e il conseguente obbligo di ricalcolo dei crediti pregressi. Sul piano operativo, la procedura di restituzione richiede al contribuente di utilizzare il modello F24 agendo in modo speculare rispetto alla compensazione originaria: l’importo deve essere versato indicando i medesimi codici tributo e gli anni di riferimento iniziali, ma esponendo il valore nella colonna delle somme a debito.

Per quanto concerne il profilo sanzionatorio e gli interessi, l’Agenzia adotta una linea di favore per il contribuente, riconoscendo che la restituzione non è figlia di un errore, bensì di un’opzione esercitata ex post. A tal proposito, la Risposta statuisce che: “In considerazione della peculiarità della fattispecie, in cui la rideterminazione del credito d’imposta discende dall’esercizio di una facoltà opzionale successiva alla maturazione del diritto, si ritiene che il versamento del credito d’imposta già utilizzato in compensazione, se effettuato entro il termine di scadenza per il versamento del saldo delle imposte sui redditi relative al periodo d’imposta in cui l’opzione è esercitata, debba avvenire senza l’applicazione di sanzioni e interessi, non ravvisandosi in tale comportamento una violazione delle norme tributarie in senso stretto“.

Un profilo di estremo interesse riguarda altresì il coordinamento temporale del beneficio in presenza di perdite fiscali. L’Agenzia chiarisce che l’obbligo di nettizzazione del Credito R&S sorge nel periodo d’imposta di competenza della variazione in diminuzione, ossia quello di registrazione del software, restando del tutto irrilevante il momento dell’effettiva capienza del reddito o dell’eventuale futuro utilizzo delle perdite ai sensi dell’articolo 84 del TUIR. Tale automatismo si riflette con ancor più rigore sull’ambito IRAP: nonostante l’imposta regionale non preveda meccanismi di riporto a nuovo delle eccedenze, l’obbligo di restituzione rimane perentorio: “La quota di credito d’imposta da riversare deve essere determinata avendo riguardo al risparmio d’imposta complessivo conseguito dal contribuente, comprensivo della quota riferibile all’imposta regionale sulle attività produttive, indipendentemente dalla circostanza che il soggetto passivo si trovi in una situazione di perdita fiscale nel periodo di riferimento, restando il principio di nettizzazione ancorato alla natura oggettiva del costo agevolabile e non alla capienza del reddito prodotto“.

In definitiva, la Risposta 102/2026 impone una revisione dei modelli di calcolo che non si limiti alla mera proiezione IRES, ma che integri un monitoraggio costante degli utilizzi in F24, sancendo che l’impossibilità di sfruttare concretamente la variazione IRAP non esonera l’impresa dal dover ridimensionare il Credito R&S originariamente spettante.